با این حال بانکها تسهیلات نهضت ملی مسکن را پرداخت کردهاند اما بیشتر بانکها رقم بسیار ناچیزی را به این طرح اختصاص دادهاند.بانک مرکزی در استدلالی میگوید همه تسهیلاتی که نظام بانکی پرداخت میکند جزو تسهیلات فرست نیست و بیشتر مربوط به سرمایه در گردش و تمدید وامهاست. همچنین رقم آن قابل توجه نیست، اما تاکید ما اجرای قانون است که بر اساس آن تکلیف شده و انتظار میرود نظام بانکی به آن تمکین کند. نظام بانکی همچنین تاکید دارد که متقاضیان نهضت ملی مسکن در مراجعه به بانکها نقص مدارک دارند و این یکی از دلایل عدم انعقاد قرارداد با متقاضی است.
استدلال ما در وزارت راه و شهرسازی این است که این شرایط (مشکلات عنوان شده) برای همه بانکها یکسان است اما چرا تعدادی از بانکها در پرداخت تسهیلات نهضت ملی مسکن عملکرد بهتری دارند اما یک سری از بانکها عملکردی خوبی نداشتهاند.این موضوع نشاندهنده عدم همراهی بخشی از شبکه بانکی است؛ زیرا اگر مشکلاتی پیشروی نظام بانکی وجود دارد، برای همه بانکهاست ولی بخشی از بانکها مانند مسکن، سپه و اخیرا بانک ملی در پرداخت تسهیلات همراهی خوبی داشتهاند و در مقابل سایر بانکها هیچ همکاریای نداشتند.
سه مشکل با نظام بانکی در اجرای طرح نهضت ملی مسکن وجود دارد؛ نخست اینکه انعقاد قرارداد تسهیلات به صورت مشارکت مدنی است. دومین مشکل مربوط به پرداخت صورت وضعیتهاست؛ زیرا وقتی قرارداد مشارکت مدنی امضا و صورت وضعیت به بانک ارسال شده، باید پس از بررسی آن، تسهیلات پرداخت شود. سومین موضوع هم در مورد افزایش میزان تسهیلات نهضت ملی مسکن از ۵۵۰ به ۶۵۰ میلیون تومان است که روند آن بسیار کُند پیش میرود و انتظار ما از نظام بانکی این است که آن را اجرا کند.
در بیست و یکمین جلسه شورای عالی مسکن به ریاست معاون اول رئیسجمهوری، نپرداختن تسهیلات و عدم اجرای قانون از سوی بانکها مطرح شد که ایشان در این جلسه با لحاظ تمامی این موارد، کمیتهای را به ریاست رئیس سازمان برنامه و بودجه و عضویت وزارت راه و شهرسازی، وزارت امور اقتصادی و دارایی و بانک مرکزی تنظیم کرد تا موضوع تامین مالی طرح نهضت ملی مسکن از جمله بخش تسهیلات بانکی و اعتبارات عمومی را که دولت باید برای پیشبرد این طرح اختصاص دهد، بررسی کند؛ زیرا اجرای طرح نیازمند زیرساخت مانند راه دسترسی، خدمات روبنایی اولیه و... است که به هزینه زیادی نیاز دارد. همچنین نپرداختن تسهیلات از سوی بانکها نیز میتواند در اجرای طرح نهضت ملی مسکن خلل ایجاد کند. قرار شد این کمیته در یک ماه موضوع را بررسی کند تا جمعبندی آن در جلسه بعدی شورای عالی مسکن ارائه و بررسی شود.