در اثر تعیین‌نشدن خط مرزی بین دو کشور، بار دیگر از سوی روس‌ها اختلاف بروز کرد و تلاش عباس میرزا، ولیعهد فتحعلی‌شاه نیز برای تعیین مرز به جایی نرسید. پس از آن صلح سیزده ساله‌ای بین ایران و روسیه به وجود آمد. طی این سال‌ها فتحعلی‌شاه بارها سعی کرده بود از طریق مسالمت‌آمیز مناطق اشغالی ایران را باز پس بگیرد، اما دولت روسیه از این‌کار خودداری می‌کرد. در سال ۱۲۴۱ اخبار ناگواری تهران را برآشفت. روس‌ها محصولات زراعت‌کاران اهالی مناطق اشغال شده را به اجبار از آنان می‌گرفتند. روس‌ها مسلمانان را مجبور می‌کردند کودکان خود را به مدارس مسیحی بفرستند. آنان به مساجد و قرآن اهانت می‌کردند و اهالی مسلمان را از هر جهت در تنگنا قرار داده بودند. اهالی مناطق اشغالی با ارسال نامه‌ای به مرجع دینی زمان، آیت‌الله سیدمحمد مجاهد وضع خود را تشریح کرده و از او خواستند فکری به حال آنها بکند.
از سوی دیگر، عباس میرزا نیز توسط برخی نزدیکان خود آیت‌الله مجاهد را از وضع موجود مطلع کرد و از وی یاری خواست. هدف عباس میرزا از این کار جلب نظر مرجعیت شیعه و وادار کردن شاه به مقابله با تجاوزات و تعدیات قوای روس بود. همان‌گونه که شاه و ولیعهدش در جنگ دوره اول نیز از علما استمداد جستند.
در آن برهه، علما از جمله شیخ جعفر کاشف‌الغطا نیز با نوشتن رساله‌های جهادیه و ترغیب مردم به جنگ با نیروهای روسیه، حیاتی تازه به قوای ایران بخشیدند. در چنین موقعیتی آیت‌الله مجاهد دیگر علما را از وقایع مطلع کرد و همه در صدور فتوای جهاد علیه روسیه متفق شدند. پس از آن وی با ارسال نامه‌هایی به فتحعلی‌شاه از او خواست جلوی ظلم و تعدی قوای روس را بگیرد؛ که اگر او این کار را نکند، خود برای آن قیام خواهد کرد.
پس از صدور فتوای جهاد، آیت‌الله مجاهد به همراه جمعی از علما و طلاب به ایران مهاجرت و در تهران علما را به پایتخت دعوت کرد. به دنبال این دعوت علما در تهران گرد آمدند و در جنگ با روسیه متفق شدند.
پس از آمادگی و اعزام نیروها، آیت‌الله مجاهد و جمعی از علما از جمله آیت‌الله محمدجعفر استرآبادی، ملامحمدتقی برغانی، میرزا عبدالوهاب قزوینی، ملا احمد نراقی، سیدنصرالله استرآبادی، سیدمحمد قزوینی، سیدعزیزالله مجتهد طالشی و آخوند ملامحمد مامقانی به تبریز مهاجرت کردند. سیدمحمد مجاهد و همراهان برای برانگیزاندن مردم آذربایجان و وانمودکردن این که این حرکت و خیزش با پشتیبانی تائید، همراهی و همگامی علما شکل گرفته و مردم باید از جان و دل مایه بگذارند، به سوی آذربایجان حرکت می‌کند.
جنگ‌های دوره دوم ایران و روسیه بدون اعلان رسمی شروع شد. در عوض، نیروهای ایران در سه هفته موفق شدند اغلب نقاطی را که به موجب عهدنامه گلستان به روسیه تسلیم شده بود به کمک اهالی محل باز پس بگیرند، اما در مرحله بعد به دلیل بی‌کفایتی شاه و خیانت برخی دولتی‌ها، کمک لازم به عباس میرزا نرسید و با توجه به قدرت ارتش تزاری در داشتن سلاح، نیروهای روسی به پیروزی‌های فراوانی دست یافتند و قسمت‌های زیادی از ایران را اشغال کردند؛ از رود ارس گذشتند و تبریز اشغال شد و خوی و ارومیه نیز به اشغال ارتش روس درآمد. در این هنگام، انگلیس که منافع خود را در خطر می‌دید، وساطت کرد و عهدنامه ترکمانچای امضا شد که به موجب آن امتیازات فراوانی از سوی دولت ایران به حکومت تزاری روس داده شد.
جنگ دوم به سبب پیمان‌شکنی روس و دست‌اندازی به شهرها و سرزمین‌هایی که در قرارداد گلستان نامی از آنها نیامده، شعله‌ور شد. آنها با مسلمانان سرزمین‌های اشغالی رفتار نامناسبی داشتند. عباس میرزا این وضع را به علمایی چون سیدمحمد مجاهد گزارش کرد که در‌‌مجموع رضایتمندی حکومت قاجار و علما در این جهاد دیده می‌شود.
شهرزاد احمدپور سامانی / جام جم
سید رضا صدرالحسینی در یادداشتی اختصاصی برای جام جم آنلاین مطرح کرد
در گفتگو با جام جم آنلاین مطرح شد
سید رضا صدرالحسینی در یادداشتی اختصاصی برای جام جم آنلاین مطرح کرد
