اندیشه‌های فرازمانی آیت‌الله نائینی

آیت‌الله نائینی ضمن تاکید بر این‌که علت‌العلل بحران در ایران، نظام سیاسی استبدادی است که بر جان، مال و اموال عمومی سلطه دارد و بی‌توجه به منافع و مصالح کشور عمل می‌کند و کشور را گرفتار دخالت کشورهای خارجی کرده است، در تلاش برای ارائه راه‌حلی برای غلبه بر این بحران براساس مبانی فقهی و عقلانی شیعه و تجارب تاریخی، چند مساله را مطرح می‌کند. 
اولا، برپایی حکومتی حافظ نظم و مصالح ملی، امری شرعی و واجب است. به‌تعبیر دیگر، ایشان معتقدند دخالت دینداران در سیاست و تاسیس حکومت مطلوب یک وظیفه شرعی است. 
ثانیا، آیت‌الله نائینی تلاش می‌کند نظریه‌ سیاسی جایگزین خود برای حکومت مطلوب را ارائه دهد و معتقد است که در دوران غیبت می‌توان حکومت مطلوب و مشروع داشت. این دیدگاه، وجه نوآورانه دیدگاه ایشان به‌شمار می‌رود زیرا برخلاف کسانی که معتقد بودند در دوران غیبت باید صبر کرد و کاری برای تشکیل حکومت نکرد، ایشان تاکید دارد که می‌توان حکومت مشروط تشکیل داد و آن را تئوریزه و معرفی کرد. 
ایشان بر ضرورت مبارزه با استبداد به‌عنوان یک امر واجب شرعی تاکید دارد و آن را از وظایف فقها در راستای ولایت فقیه می‌داند. همچنین، کاهش غصب و ظلم نیز از دیگر مؤلفه‌های نظریه‌ ایشان است، زیرا در حکومت استبدادی سه نوع غصب (غصب حق مردم، غصب حق خداوند و غصب حق امام یا نایب او) رخ می‌دهد:
آیت‌الله نائینی معتقد است اگر حکومت مطلوب بر پایه‌ کاهش این سه نوع ظلم و غصب بنیان‌گذاری شود، غصب حق مردم از طریق قانون‌گذاری و مشارکت آنها در عرصه سیاسی تعدیل می‌شود. 
علاوه بر این اگر قانون‌گذاری با شریعت منافات نداشته و مورد تایید آن باشد، ظلم به خداوند نیز از بین می‌رود. به این منظور ایشان بر تشکیل کمیته‌ای از فقها برای نظارت بر قانون‌گذاری تاکید دارد. 
در نهایت، تنها نوع ظلمی که ممکن است در حکومت جانشین باقی بماند، این است که امام به حق خود نرسد، زیرا فقها امکان حکومت مستقیم ندارند. 
اگر حکومت با اذن و اجازه فقها امور خود را انجام دهد، در واقع ظلم سوم نیز کاهش می‌یابد و بنابراین هر سه نوع ظلم تا حدی از بین می‌رود و امکان شکل‌گیری حکومت مشروع در دوران غیبت فراهم می‌شود. 
در دیدگاه آیت‌الله نائینی حکومت امانت‌دار و خدمتگزار است و مانند نوعی ولایت در مقابل حکومت استبدادی قرار دارد. برخلاف استبداد که به دلخواه عمل می‌کند، حکومت ولایی مبتنی بر مصالح مردم و حفظ امانت تلاش می‌کند امور را به صورت محدود و مصلحت‌اندیشانه در مسیر یک حکومت مطلوب در دوران غیبت هدایت کند. 
آیت‌الله نائینی همچنین با پاسخ به شبهاتی چون «رای اکثریت بدعت است»، «دخالت در سیاست نوعی دخالت در شئون امامت است» و «آزادی یعنی اباحه‌گری» و همین‌طور «عدم برابری مسلمان و غیرمسلمان در برابر قانون»، بنیان‌های الگوی حکومت مطلوب خود را منقح می‌کند. این نظریه گام مهمی در تاکید بر ضرورت تاثیر حکومت مبتنی بر آرای مردم و سازگاری آن با شریعت است و می‌توان آن را «مردم‌سالاری دینی» نامید. 
در سال‌های پس از مشروطه انحرافاتی با چالش‌هایی مواجه شد و سوءاستفاده عناصر ناسالم، عوام‌زدگی، اقدامات برخی افراد افراطی و دخالت روسیه و انگلیس مانع تحقق کامل اهداف این الگو شد. در نتیجه، بخش قابل توجهی از مردم بعد از مدتی مشروطه را در تضاد با دین دیدند که این تا‌حد زیادی ناشی از شرایط محیطی و مدیریت انقلاب مشروطه بود و نه صرفا رفتار عناصر اصلی مقاوم مشروطه. به‌این ترتیب الگوی مرحوم نائینی به‌تدریج مهجور می‌شود و کتاب ایشان نیز کمتر مورد توجه قرار ‌میگیرد. برخی حتی جمع‌آوری کتاب را مطرح کردند هرچند صحت و سقم این موضوع محل بحث است. با آمدن رضا‌شاه و جایگزینی استبداد جدید پهلوی با استبداد قاجاری این مهجوریت شدت یافت. 
الگوی جمهوری اسلامی، به نوعی تکمیل‌کننده وجه سوم الگوی نائینی یعنی حاکمیت فقیه عمل کرد. در الگوی مرحوم نائینی دو وجه مردم و شریعت مورد تاکید بود اما در الگوی جمهوری اسلامی، مردم، شریعت و حاکمیت فقیه در کنار هم قرار گرفتند و الگویی کامل‌ از مردم‌سالاری دینی شکل گرفت.