خداحافظ پروفسور

بعد از سومی با کرواسی در جام جهانی فرانسه، همراه با بلاژویچ وارد فوتبال ایران شد. ناکامی تیم ملی در صعود به جام جهانی ۲۰۰۲ نسل طلایی فوتبال ایران را افسرده کرد اما در همان سال، او توانست آخرین دستاورد بزرگ فوتبال ایران را به ارمغان بیاورد. قهرمانی در بازی‌های آسیایی پوسان. جامی که فوتبال ایران به شدت به آن نیاز داشت. در فینال این دوره از مسابقات، تیم ملی موفق شد ژاپن را۲ بر یک شکست دهد وبه عنوان قهرمانی برسد.درآن تیم چند بازیکن بزرگسال مثل نکونام و علی دایی هم حضور داشتند.برانکو نیز پس ازجام، این قهرمانی را به روح پدر علی دایی تقدیم کرد چراکه یک هفته قبل از آن، دارفانی را وداع گفته بود. بعد از برکناری بلاژویچ از تیم ملی، محمد دادکان در تصمیمی عاقلانه هدایت تیم‌ملی را به برانکو سپرد.با اوعصرطلایی فوتبال ایران دوباره آغاز شد.درجام ملت‌های ۲۰۰۴، آسیا شاهد بازی‌های چشم‌نواز و زیبای تیم‌ملی بود. در مرحله گروهی هر چند بازی ایران و ژاپن بدون گل تمام شد ولی ایران به مراتب با کیفیت‌تر و بهتر بود. در مرحله یک چهارم تیم ملی مقابل کره جنوبی قرار گرفت و در یکی از به یادماندنی‌ترین و زیباترین بازی‌های جام ملت‌ها، ۴ بر ۳ این تیم را شکست داد. کیفیت بالای ایران، ناگهان تیم برانکو را تبدیل به شانس اول قهرمانی کرد. در بازی بعد، قرعه به نام چین افتاد البته با همراهی داور مسابقه! در این دیدار «طلعت نجم لبنانی» یکطرفه سوت زد و سرانجام در ضربات پنالتی چین برنده شد. یک آبروریزی بزرگ که با انتقاد شدید از کنفدراسیون فوتبال آسیا مواجه شد. در رده‌بندی تیم ملی با قدرت بحرین را شکست داد وبه عنوان سومی رسید.این آخرین بازی بود که تیم ملی در آسیا روی سکو رفت، همراه با برانکو ایوانکوویچ.  تمجید رسانه‌ها از عملکرد ایران و البته علاقه دادکان به این مربی کروات باعث شد تا ایران با او برای جام جهانی۲۰۰۶ هم ادامه دهد. درمقدماتی این رقابت‌ها بدون شکست بادو بردمقابل ژاپن وبحرین،ازماندگارترین روزهای فوتبال ایران بود.تیم ملی با قدرت به جام جهانی صعود کرد اما بالاگرفتن اختلافات بین محمد دادکان و محمد علی‌آبادی (رئیس وقت سازمان تربیت بدنی) به اضافه مصدومیت بعضی بازیکنان کلیدی از جمله زندی، هاشمیان و مهدوی‌کیا در آستانه جام مشکل‌آفرین شد. از سویی اختلافات داخلی بین بعضی بازیکنان، مدیریت کار را از دست برانکو خارج کردتا تیم ملی با دو شکست برابرمکزیک وپرتغال و یک تساوی مقابل آنگولا جام را ترک کند. برای یادآوری اختلافات آن روزها فقط دو چیز را به یاد بیاورید؛ مصاحبه دایی که گفته بود «تو چشم من نگاه می‌کنند و پاس نمی‌دهند» و برکناری محمد دادکان پای پرواز تیم ملی و خداحافظی برانکو. 
مربی کروات هم بعدها برای گرفتن طلبش مجبور به شکایت شد و توانست فدراسیون فوتبال را محکوم کند. 
   
عصر طلایی پرسپولیس
برانکو تا سال‌ها از فوتبال ایران دور بود تا این‌که بعد از حل مشکلات مالیاتی‌اش به پرسپولیس پیوست. باشگاهی که در بدترین دوران حیاتش به سر می‌برد. او درنیم فصل اول حضورش این تیم راازسقوط نجات داد. سال دوم به نایب قهرمانی رساند و بعد به .... سه قهرمانی متوالی! پرسپولیس با برانکو سه بار سوپرجام را نیز فتح کرد و یک بار هم به عنوان قهرمانی در جام حذفی رسید. در فصلی که پنجره نقل و انتقالات پرسپولیس بسته بود، موفق شد با این تیم به فینال آسیا برود و عنوان نایب قهرمانی را به دست بیاورد. او بعدها گفت تنها آرزویش که در پرسپولیس برآورده نشد، قهرمانی در آن فینال بود. برانکو نیز مثل کی‌روش بعد ازجدایی از ایران، نتوانست به موفقیت چشمگیری دست یابد. او در عمان و چین ناکام بود و سرانجام تصمیم گرفت از دنیای مربیگری کناره‌گیری کند.خداحافظی اوباواکنش‌های تعدادی از چهره‌های فوتبال ایران مواجه شد از جمله وحید هاشمیان که برایش نوشت: «ازتو به خاطر تاثیرت در فوتبال ایران تشکر می‌کنم.» جواد نکونام هم اینطور از او قدردانی کرد: «برای تمام زحماتی که برای من و تیم ملی کشورم کشیدی، ممنونم.» 
   
جنگ با کی‌روش
برانکو در دوره دوم حضورش، جنگ بزرگی را با کارلوس کی‌روش تجربه کرد. این اختلاف به هر دو آنها ضربه زد اما بیشتر روی فوتبال ایران اثر گذاشت. دعواها بر سر اردوی آماده سازی تیم‌ملی بود وبرانکوکه اعتقاد داشت پرسپولیس از برگزاری این اردوها آسیب می‌بیند. دعوا به قدری بالا گرفت که کارلوس کی‌روش در دوره‌ای بعضی بازیکنان پرسپولیس مثل رامین رضائیان، طارمی، بیرانوند و شجاع خلیل‌زاده را خط زد و برانکو را مسئول این اتفاق دانست. برانکو می‌گفت باسوادتر است و کی‌روش به او و اطرافیانش حمله می‌کرد. 
حالا مرور می‌کنیم جملات قصار برانکو را؛ چه در دوران دعوا با کی‌روش و چه قبل و بعد از آن...
-کی‌روش می‌گوید رونالدو را ساخته؟ من هم مودریچ را ساخته‌ام!
-کی‌روش فوتبال ایران را ۱۰سال عقب انداخت
-می‌گوید بازیکنان داخلی خوب نیستند. دردقایقی از دیدار ایران مقابل الجزایر دیده که بازیکنانی مثل کریم انصاری‌فرد و سردار آزمون در حال پرواز کردن بودند.(این کنایه باواکنش تند پدرآزمون وارسال پیام تهدید‌آمیزبرای برانکوهمراه شد.) 
-اسکوچیچ از کی‌روش بهتر است
-ایران در جام جهانی ۲۰۲۲ باید به مرحله بعد صعود می‌کرد ولی متاسفانه مربی نداشتند! (کنایه سنگین به کی‌روش) 
-کی‌روش فقط بلد است بگوید من بهترینم اما جام کجاست؟!
-ایران فقط یک تیم نیست، یک ملت است (در دوران حضور در تیم ملی) 
-ما به آلمان نیامده‌ایم گردش کنیم. آمده‌ایم تاریخ بسازیم.(جامی که اصلا با خاطرات خوبی تمام نشد) 
-دایی، مهدوی‌کیا و هاشمیان ستاره نیستند، سربازند.
-جام قهرمانی بازی‌های آسیایی را تقدیم به روح پدر علی دایی می‌کنیم (بعد از قهرمانی در پوسان ۲۰۰۲)
-گل خوردن بخشی از فوتبال است، ترسیدن نه
-من مربی نیستم، معلمم
-فوتبال بدون هوادار، مثل عروسی بدون موسیقی است
-من ایران را ترک نمی‌کنم، ایران در قلب من است (بعد از جدایی از پرسپولیس) 
-پرسپولیس خوابیده بود، من بیدارش کردم.
قهرمانی با اختلاف ۱۳ امتیاز، جواب همه منتقدان است. (پس از قهرماتی سال ۹۶)
-علی دایی یک  کاپیتان بزرگ و افسانه‌ فوتبال ایران است.