مثلا مصطفی ملکیان یکی ازهمین دسته شبهروشنفکران به اصطلاح اصلاحطلب در گفتوگویی با روزنامه خرداد که در ۳ مرداد ۷۸ به چاپ رسید، گفت:«...اعتراف باید کرد که فقه متعارف در حوزههای علمیه ما دستاویز و مستمسک خوبی برای کسانی است که در مقام ترویج خشونت و مشروعیت بخشی به آنند... مروجان خشونت از فقه متعارف در حوزههای علمیه هزینه میکنند، بنابراین برای نقد خشونت نیز لازم است از مباحث دین و فلسفه فقه، بهرهبرداری لازم انجام شود...»
این درحالی است که درست برعکس آنچه این گروه از شبهروشنفکران نشر میدادند، عمل به شعار «اسلام منهای روحانیت» و فاصله گرفتن برخی گروهها از روحانیت مسئول، آنها را به سوی خشونتهای افسار گسیخته و ضد بشری سوق داد.
یکی ازاین مظاهر خشونت در گروهکی به نام فرقان نمود یافت که گرچه در ظاهر گروهکی کوچک و ابتر مینمایاند اما در واقع نماینده تفکر و اندیشهای بود که ریشه در عمق تاریخ شبه روشنفکری معاصر داشت و پس از فروپاشی گروهک مزبور نیز همچنان تداوم یافت. اندیشه فرقانی در مسیر دستیابی به اهداف خویش همواره با ادعای بازسازی اندیشه دینی و تجددگرایی مذهبی برای کاستن از وجاهت روحانیت مذهبی، به تلقین ناکارآمدی روش فقها در تبیین دینی پرداخت و در ستیز با اسلام فقاهتی و اجتهاد در اصول، تلاش بیوقفه داشت. بر این اساس میتوان فرقانیگری را نیمه ناپیدای شبه روشنفکری ایرانی به ویژه در دوران پس از مشروطه به حساب آورد.هنگامی که اکبر گودرزی، سرکرده گروه موسوم به فرقان در سوم خرداد ۱۳۵۹ به جوخه اعدام سپرده شد، بسیاری بر این باور بودند که پرونده فرقاناندیشی در نظام نوپای اسلامی بسته خواهد شد، لیک از آن رو که بانیان و حامیان در سایه این گروه دریافته بودند بهترین راه مقابله با نظام، پوشاندن پوستین وارونه بر قامت دین است، رقم زدن اندیشههای فرقانی را وجهه همت خویش ساختند و از این روی، فرقانیگری، نه بهعنوان جریانی که کارنامه آن به تاریخ سپرده شد، بلکه بهعنوان یک پندار و کردار جاری در تاریخ سه دهه پس از پیروزی انقلاب، خودنمایی کرد.
دکتر موسی حقانی، پژوهشگر و مورخ معاصر بر این باور است که فرقاناندیشی پیشینهای به درازای تاریخ دارد و عجیب آنکه در هر مسلکی از آن نشان میتوان یافت. مأموریت تاریخی این جریان، پوشاندن لباسی به رنگ دین بر اندیشههای مسلط در هر زمان، یا سخنان روز پسند است؛ از این رو همواره واسطهای بین دینداری و الحاد بودهاند.حقانی اعتقاد دارد در سالهای صدر اسلام و بهویژه قرن اول، این جماعت عملا به دکان داری در برابر بسط و نشر معارف اهل بیت (علیهم السلام) پرداختند. آنان آلت فعل دولتها یا جریانات بیاعتقاد به دین و حتی معاند با آن بودند، از این رو اندیشه فرقانی در طول نشو و نمای خویش عده پرشماری را به اردوگاه الحاد گسیل داشت.در روزگار ما، اما کار این جماعت در قالبی نوین، با مشروطه آغاز شد و گسترش یافت. روزگاری که های و هوی مبارزه با استبداد موجب تداوم آن در شکلی نوین شد، حضور شبه روشنفکرانی همچون حیدرعمواغلی در صدر تفکر مشروطهخواهی انگلیسی و تشکیل گروههای تروریستی توسط وی برای ارعاب مردم، بر سر دار بردن شیخ فضلا... نوری و ترور سید عبدا... بهبهانی و بعد تشکیل گروههای تروریستی مانند کمیته مجازات و حمایت مادی و معنوی از آن برای به هرج و مرج کشیدن جامعه جهت روی کار آوردن دیکتاتوری به اصطلاح منور از جمله کارنامه سیاه تفکر فرقانی در سالهای پیش و پس از مشروطه است که این در حقیقت تقابل جریان سکولاریسم با اسلام و روحانیت بودشبهروشنفکران فرقانی در آغاز با دعوی مدارا، تساهل و تحمل به میدان آمدند اما برخی از آنان به مشخصترین و در مواردی خشنترین فجایع تاریخ معاصر دست یازیدند. آنان از مشروطه تاکنون از پیشگامان ترور شخصیت و سپس ترور فیزیکی متفکران و مبارزان دینی و ملی بودهاند. بسیاری از تحلیلگران در تبیین منش فرقانیان، آنان را با خوارج مقایسه کردهاند. این قیاس که از جنبهای چندان هم دور از واقع نیست، نشان میدهد که روشنفکری با خوارجگونگی فاصلهای نزدیک دارد.پافشاری بر فرآوردهها و در مواردی پسماندهای فرهنگی فرنگ، بارها آنان را به ورطه تعصبات کور و خشونتهای کلامی و عملی سوق داده و از سوی دیگر خروجی و بازده تمامی این خشونتها در سبد دولتهای استعماری خارجی قرار گرفته است. این مهم شاهدی روشن بر همگرایی و همپیمانی خواسته و ناخواسته این جریان با آنهاست. روشنفکر این مرز و بوم از آنرو که غالبا در پی تخریب هویت بومی و مذهبی مردم بوده است، همواره حساسیت دینداران و بهویژه متولیان دین را برانگیخته و در مقام پاسخگویی، جز حذف و گلوله در چنته نداشته است.از مشروطه به اینسو، از ترور شیخفضلا...نوری توسط کریمدواتگر گرفته تا اعدام او بهدست متظاهران به مشروطهخواهی و نیز ترور سیدعبدا... بهبهانی و مرگ مشکوک آخوندخراسانی و قتل سیدحسن مدرس، ترور گسترده شخصیت آیتا... کاشانی، توطئه ۲۸ مرداد، اعدام فداییان اسلام، سرکوب گسترده قیام ۱۵خردادوتبعید امام خمینی، فعالیت مداوم ماشین دستگیری، شکنجه و اعدام مبارزان در طول ۱۵ سال مبارزات ملت ایران از۱۵خرداد تا پیروزی انقلاب و بعد از آن دمیدن در کوره تجزیهطلبی و سهمخواهی گروههای جداییطلب، ترور گسترده تئوریپردازان نظام اسلامی، مواضع همگرایانه برخی از آنان با دشمن متجاوز بعثی در طول هشت سال جنگ تحمیلی، تلاش گسترده در جهت اشاعه اندیشههای لیبرالیستی در دوران پس ازجنگ با استفاده از امکانات دولتی، ایفای نقش پررنگ در پیدایش دولت موسوم به اصلاحاتوتحمیل هزینههای گسترده فرهنگی،اجتماعی واقتصادی برملت دراین دوره تابرنامهریزی گسترده برای براندازی نظام اسلامی درقالب حاکمیت دوگانه وبالاخره درتوطئهبراندازانهوخشونتبار فتنه پس ازانتخابات۱۳۸۸که بایاری مستقیم سرویسهای جاسوسی آمریکا، انگلیس و اسرائیل صورت گرفت همهوهمه ازجمله رفتارهای خشونتباری بوده که یا برخی از روشنفکران بانی و حامی آن بودهاند یا ازسوی دولتهای استعمارگری رهبری شدهاند که همواره محبوب و کعبه آمال این جماعت محسوب شدهاند. آنچه گفته شد تنها بخشی کوچکی بود از تاریخچه مفصل فرقانیگری در طول تاریخ ایران و جای بحث فراوان دارد که چگونه منادیان تسامح و تحمل و مدارا، هم به بارزترین خشونتها در تاریخ معاصر دست یازیدند و هم پایهگذار و محرک خشونت بودند.
حضرت امام خمینی(رحمها...علیه)دربیاناتی که دردوم خرداد۱۳۵۸ایراد کردند، درمورد روحانیت فرمودند:«...آخوند یعنی اسلام. روحانیین با اسلام درهم مُدغَمند. آنکه به روحانیین بهطور کلی، نه با یک آخوند، نه با من، هرکس به من هرچه هم بگویند مانعی ندارد آنکه با عنوان روحانی و آخوند مخالف است، این دشمن شماست. این آزادی را برای شما ممکن است تأمین کند، استقلال را هم برای شما ممکن است تأمین کند، اما استقلالی که تو[ی] آن امام زمان نیست، آزادی که تو [ی] آن قرآن نیست، آزادی که در آن پیغمبر اسلام نیست. ملت ما این را میخواهد؟ خونش را داد برای این؟ برای آزادی داد؟ برای خدا داد. ملت ما تابع حضرت سیدالشهدا شد. او خونش را برای کی داد؟ حکومت میخواست؟ استقلال میخواست؟ آزادی میخواست؟ او خدا را میخواست، او اسلام را میخواست، او میخواست که اسلام در خارج تحقق پیدا بکند. روحانی اسلام را میخواهد، روحانی اسلام در پناه اسلام را میخواهد و آزادی در پناه اسلام را میخواهد...»