سال ۱۹۸۱ از مصر به فلسطین بازگشت. سال ۱۹۸۳ به مدت ۱۱ماه در غزه زندانی شد و سال ۱۹۸۶ نیز یک بار دیگر بهدلیل ارتباطش با فعالیتهای نظامی به چهار سال زندان قطعی و پنج سال زندان تعلیقی محکوم شد. اسحاق رابین، نخستوزیر وقت اسرائیل پس از انجام عملیات گروه حماس در ۲۵ ژانویه ۱۹۹۵ در منطقه بیتلید که به کشته و مجروحشدن ۱۳۰ اسرائیلی منجر شد، دستور اعدام فتحی شقاقی را صادر کرد. او سالها پیش از انجام این عملیات تحت نظر عوامل موساد بود. آوری ساگی، رئیس اطلاعات نظامی وقت اسرائیل نسبت به انجام عملیات کشتن شقاقی در دمشق بهدلیل برانگیختهشدن خشم مردم سوریه هشدار داد و برهمیناساس عملیات ترور وی به خارج از سوریه منتقل شد.۲۶ اکتبر ۱۹۹۵ (۴ آبان۱۳۷۴) درحالیکه شقاقی ۴۴ساله قصد داشت برای بررسی وضعیت آوارگان فلسطینی در لیبی به این کشور سفر کند و هنگامی که از کنفرانس لیبی به جزیره مالت وارد شد، مقابل هتل محل اقامتش در این جزیره توسط دو موتورسوار هدف قرار گرفته و به شهادت رسید.
او درباره رهبر کبیر انقلاب معتقد بود: امامخمینی (ره) از نخستین روزهای پیروزی انقلاب اسلامی ایران به انقلاب مردم فلسطین و ملتهای دیگر توجه خاصی مبذول داشتند، از همین رو، آخرین جمعه ماه مبارک رمضان را روز قدس اعلام فرمودند. در این روز مردم فلسطین در سراسر سرزمینهای اشغالی و بهویژه در مسجدالاقصی مراسم پرشکوهی برپا میکنند و شعارهایی مبنی بر ضرورت آزادی فلسطین سر میدهند. یکی از شعارهای باشکوه این مراسم، شعار «درود بر توای امام خمینی» است.
امامخمینی (ره) بهعنوان یک عالم به قضایای امت و سرزمینهای اسلامی از زاویه تنگ اقلیمی نگاه نمیکند، بلکه از دریچه اسلام جامع و متمدن که باعث توحید امت اسلامی در سراسر وطن اسلامی است مینگرد و برای او هیچ قضیهای در وطن اسلامی گستردهتر از ماجرای فلسطین در ابعاد جغرافیایی و اقلیمی نیست. زیرا فلسطین در مرکز تجاوز غرب و صهیونیسم علیه وطن اسلامی قرار گرفته و سکوی پرش بهسوی هویت اقتصادی، سیاسی، امنیتی و فرهنگی به حساب میآید. در پشت سر این قضیه، تجزیه سرزمین و الحاق استراتژیکی کشوری به کشور دیگر قرار دارد؛ لذا بعد اسلامی چنین قضیهای را نمیتوان
از نظر دور داشت.
روزنامه جام جم