لقب مدرس را به سهولت به کسی نمیدادند؛ ایشان این لقب را از زمان تدریس در اصفهان داشت که حجتی بر فضل و مهارت او در تدریس است. ویژگیای که در مجلس شورا به نحو احسن به جذاب کردن نطقهایش کمک میکرد. آیتا... مدرس پس از آمدن به تهران ضمن حضور در مجلس شورا به تدریس فقه و اصول در مدرسه سپهسالار پرداخت و زمانی که تولیت مدرسه سپهسالار را در اختیارش گذاشتند، برای برقراری نظم در آنجا زحمت بسیار کشید. بنا به دستور او از طلاب هنگام ورود به مدرسه امتحان میگرفتند و پس از پایان هرسال طلاب باید مجددا امتحان میدادند و در صورت کسب نمره قبولی به مرحله بالاتر راه مییافتند. برای اداره مدرسه نیز نظامنامهای ترتیب داد که باید طبق آن عمل میشد. به موقوفات مدرسه هم شخصا رسیدگی میکرد و توانست درآمد موقوفات راافزایش دهد ومدرسه وحجرههایش را مرمت کند.
مهمترین سخن مدرس که اندیشههای ولایی و ضدسکولاریستیاش را در مقابل برخی مدعیان شبهروشنفکری جدایی دین از سیاست آشکار میساخت، آن بود که با صراحت گفت:«...دیانت ما عین سیاست ماست و سیاست ما عین دیانت ما...» وهمین سخن و همچنین راه و روشی که در برخورد با مسائل سیاسی و اجتماعی، براساس آن پیشه کرد، مورد توجه برخی از طلاب جوان قرار گرفت ازجمله طلبه باهوش و با استعدادی به نام روح ا...مصطفوی که بعدا به روح ا...خمینی شهرت یافت.آشنایی امام خمینی که در آن روزها جوانی برومند و طالب علم و فضیلت بود باسید حسن مدرس از دیگر سرفصلهای سیاسی زندگی امام به شمار میآید. امام ماجرای اولین دیدار خود با مدرس را برای نوهشان (خانم لیلا بروجردی)
چنین نقل کردهاند:«...اولین باری که مدرس را دیدم در۱۷سالگی بود. همان دفعه اولی بود که از خمین بیرون آمدم. آقای پسندیده نامهای به من داد که به اصفهان بروم و به آقای مدرس بدهم. من هم رفتم اصفهان. مدرس درجایی در کنار یک آسیاب بادی روی فرش نشسته بود و چند نفر نزد او بودند... .»
دیدارهای امام با مدرس چندین بار تکرار شد و جذبه شخصیت آن مرد روحانی بردل آقا روح ا...جوان نشست.امام نقل میکنند:«... مدرس آمد به تهران. آنجا هم یک خانه مختصری اجاره کرد و من منزل ایشان مکرر رفتم، خدمت ایشان (رضوان ا... علیه) مکرر رسیدم... . »
قدرت روحی و معنوی مدرس بهعنوان یک روحانی متنفذ، توجه آقا روح ا... را به شدت به خود جلب کرده بود و میل داشت که هرچه بیشتر درباره او بداند. به همین منظور چندمرتبه به مجلس شورای ملی و تماشای جلسات علنی در بهارستان رفت تا از نزدیک ببیند مدرس در آنجا چه میکند. امام خودشان دراین باره گفتهاند:«...من آن وقت مجلس رفتم برای تماشا. جوان بودم... مجلس آن وقت تا مدرس نبود، مثل اینکه چیزی درآن نیست، مثل اینکه محتوا ندارد. مدرس با آن عبای نازک و با آن قبای کرباسی وقتی وارد میشد، مجلس میشد یک مجلس... .»
آقا روح ا...درپی کشف راز ایستادگی، شجاعت، توان روحی و قدرت نفوذ کلام مدرس در مخاطبان، با وی انس بیشتری پیدا کرده و به خانهاش نیز رفتوآمد میکردند. ایشان برای این که برتمام زوایای زندگی مدرس اشراف پیدا کنند، به محفل درس وی در مدرسه سپهسالار نیز سرک میکشیدند. ایشان درباره درس مرحوم مدرس میگفتند:«...این آدم(مدرس) میآمد در مدرسه سپهسالار درس میگفت؛ من یک روز رفتم درس ایشان. مثل اینکه هیچ کاری ندارد و فقط طلبهای است دارد درس میدهد. اینطور قدرت روحی داشت. در صورتی که آن وقت در کوران مسائل سیاسی بود...از آنجا (پیش ما) رفت مجلس. آن وقت هم که میرفت مجلس، یک نفری بود که همه از او حساب میبردند... .»
مهمترین سخن مدرس که اندیشههای ولایی و ضد سکولاریستیاش در مقابل برخی مدعیان آشکار میساخت آن بود که با صراحت گفت:«... دیانت ما عین سیاست ماست و سیاست ما عین دیانت ما... .»
با پایان کار مجلس ششم، رضاخان بهعنوان شاه آن چنان قدرتی یافته بود که میتوانست از ورود مخالفانش به مجلس جلوگیری کند. آیتا...مدرس در انتخابات مجلس هفتم هم کاندیدا شد ولی آرای او را نخواندند. آیتا...مدرس جملهای گفت که برای تقلبی بودن انتخابات کافی بود. او گفت: «من یک رأی برای خودم نوشتم، آن رأی کجاست؟»
پایان مجلس ششم به معنی پایان مصونیت سیاسی آیتا...مدرس هم بود.رضاخان فرصت را مغتنم شمرد و دستور دستگیری و تبعید او را صادر کرد. ۱۶مهر۱۳۰۷ رئیس شهربانی به همراه عدهای مأمور شبانه به خانه آیتا...مدرس ریختند و او را دستگیر و به خواف تبعید کردند. او در تبعید ممنوعالملاقات بود و اجازه مراوده با مردم را نداشت اما در همین مدت هم دست از تعلیم و تربیت برنداشت و پاسبانهایی را که مأمور مراقبتش بودند ارشاد کرد. دو سال پس از تبعید او به خواف و تحمیل فشارهای بسیار، رضاخان محرمانه برایش پیغام فرستاد که اگر دست از سیاست بکشد، آزادش میکند اما آیتا...مدرس پاسخ داد:«اگر مرا بکشید بزرگترین ننگ را از خود به یادگار خواهید گذاشت و اگر زنده بمانم و فرصت پیدا کنم، انتقام خواهم گرفت.» ۹ سال بعد آیتا... مدرس رابه کاشمر منتقل کردند ودر۱۰آذر۱۳۱۶هنگام غروب در حالی که ایشان روزه داشتند، توسط مستوفیان و حبیبا... خلج معروف به شمر به شهادت رسیدند. به این سان دفتر زندگی روحانی مبارز آیتا... مدرس توسط دژخیمان رژیم پهلوی بسته شد.