اعتراض به تعطیل امر به معروف

ویژگی‌ای که او را در ردیف مخالفان روحانی رژیم مانند آیت‌الله نجفی اصفهانی قرار می‌داد، واکنش وی به رفتارهای غیردینی حکومت بود. وی همچنین؛ بعدها در زمان سلطنت رضا شاه با نوشتن نامه‌های متعدد، وی را از اعمال زشت و ناروا برحذر می‌داشت.

او حتی در مکاتبات خود تعارفات معمول را رعایت نمی‌کرد. همیشه نامه‌اش چنین آغاز می‌شد: «از آخوند بافقی به فلان.» ارسال این نامه‌ها سبب شد تا دولت مخبرالسلطنه در یکم شهریور 1306ش اعلامیه‌ای منتشر کند که براساس آن «اقدام به امر به معروف و نهی از منکر» ممنوع شد. پس از انتشار این اعلامیه شیخ‌محمدتقی با دعوت از مردم به حضور در صحن حرم حضرت معصومه(س) زمینه اعتصاب علیه این اعلامیه را مهیا کرد و در میان اعتصاب‌کنندگان بالای منبر رفت و علیه آن این‌چنین سخنرانی کرد: «... دولت نمی‌تواند اجرای این اصل را به عهده گیرد چون لیاقت اجرای آن را ندارد زیرا علم به موارد لیاقت و کیفیت آن لازم است و افراد بویژه دولت و ماموران دولت نسبت به این موارد جاهل‌اند...» سخنرانی شیخ‌محمدتقی چنان مردم را به هیجان آورد که ماموران دولت از ترس واکنش آنان تمامی اعلامیه‌های آن را از در و دیوار کندند. اما مهم‌ترین واقعه‌ای که برخورد مستقیم رضاشاه با شیخ محمدتقی را در پی داشت حادثه قم بود.

براساس سنت تشریفاتی، شاه و خانواده سلطنتی هنگام تحویل سال در حرم حضرت معصومه(س) حضور می‌یافتند. اما در نوروز 1307 رضاشاه به تنهایی به قم رفت و پس از مراجعت او، ملکه و دخترانش شمس و اشرف با عده‌ای مستخدم به قم رفتند و با روی باز و موی نمایان در بالای ایوان آیینه به تماشای مردم پرداختند. این امر با اعتراض شدید شیخ‌محمدتقی مواجه شد. ماجرا با تلفن به اطلاع شاه رسانده شد. رضاشاه بی‌درنگ همراه با وزیر دربار «تیمورتاش» و یک فوج زرهی از تهران روانه قم شد. نظامیان را در «منظریه» قم مستقر کرد و خود همراه عده‌ای از گارد وارد شهر شد. به محض ورود به حرم با بغض و کینه‌ای که از شیخ‌محمدتقی داشت به ضرب و جرح وی پرداخت. بعد او را با چند نفر دیگر از جمله سیدعبدالرسول طهرانی دستگیر و به تهران فرستادند.

پس از دستگیری شش ماه در زندان به سر برد و با کوشش آیت‌الله حائری و شیخ‌محمدتقی آزاد​ به شهرری تبعید شد. وی در تبعید هم دست از فعالیت برنداشت. بافقــی بعد از شنیدن خبر کشتار مردم در مسجد گوهرشاد از فرط ناراحتی سکته کرد و فلج شد و پس از سه ماه با وجود ممنوع‌الخروج بودن رهسپار مشهد شد و با عزاداری برای شهدای این حادثه، مردم را علیه حکومت بر‌انگیخت.

شیخ‌بافقی در طول مدت تبعید در آستان حضرت عبدالعظیم به تبلیغ معارف اسلامی، ارشاد مردم و اقامه نماز جماعت پرداخت و به‌دلیل ساده‌زیستی محبوبیت فراوانی بین مردم به‌دست آورد. شیخ‌محمدتقی بافقی در سال 1365ق در هفتاد و دو سالگی در شهرری فوت کرد و در مسجد بالا سر حرم حضرت معصومه(س) در مقبره مرحوم آیت‌الله حائری دفن شد.