معدنکاری چنانچه بدون مدیریت حفاظتی انجام شود، موجب آلودگی محیط زیست، بویژه منابع آبی میشود. در واقع غلظت برخی مواد شیمیایی مانند آرسنیک، اسیدسولفوریک و جیوه در منابع آبی سطح و زیرزمین بشدت افزایش مییابد. همچنین پسماندهای به جامانده از فعالیتهای معدنکاری میتواند آلودگی وسیعی در محیطزیست و منابع آبی بهوجود آورد.