به همین علت همانطور که در سند ساواک هم آمده بود، امام در حوزه به تدریس فلسفه و فقه و اصول و اخلاق و تالیف مشغول گردیدند و از محضر ایشان روحانیون بسیاری برخوردار شده و درس گرفتند، روحانیون و طلابی که هریک بعدها از مبارزین و انقلابیون فعال در پیشبرد نهضت و انقلاب اسلامی بودند. امام از سالها قبل درس اخلاق را به منزله مدرسهای برای آمادهساختن طلاب جوان جهت مبارزه پیگیر و خستگیناپذیر شروع کرده بودند و از این راه به سایر طبقات و اقشار اجتماعی نیز آگاهی سیاسی میبخشیدند. درواقع دیدگاههای سیاسی خود را در این درسها مطرح میکردند. بسیاری از روحانیون مبارز ازهمین کلاس اخلاق حضرت امام، درس مبارزه و انقلاب را آموختند و بعد از آن وارد عرصه نهضت شدند.در شرایطی که اهم فعالیت حضرت امامخمینی(ره) درسالهای مابین۱۳۰۰هجری شمسی که به حوزه علمیه قم آمدند وتحصیل خود راپی گرفتندتا۱۳۴۰ که بهطورعلنی وارد مبارزات سیاسی شدند، پیرامون فراگیری و تدریس علوم مختلف اسلامی و فقهی و تربیت و پرورش شاگردان و روحانیون وطلاب مبارز میگذشت؛ یعنی مبارزه ریشهای و مبتنی بر پایههای محکم ایدئولوژیک، آگاهیهای تاریخی ــ اجتماعی و سیاسی، اما در همان دوران هم از موضعگیریهای سیاسی در موارد تعیینکننده غافل نبودند.در طول نهضت ملی شدن صنعت نفت، امام بیشتر به پیگیری مسائل حوزه و کار تدریس و تالیف و مشاوره با آیتا...بروجردی و تقویت دستگاه مرجعیت مشغول بودند. ایشان در اندیشه اصلاح حوزه بودند، اگرچه در کنار آن سالهای پرحادثهای میگذشت؛ جنجال قرارداد کنسرسیوم، درگیریهای حزب توده، ترورها و اختلافات جناحهای ملی و مذهبی نهضت و...ولی بهدلیل عدم همراهی آیتا...بروجردی با آیتا...کاشانی، حوزه علمیه قم و روحانیونش تقریبا از این جریانات به دور بود.
امام خمینی(ره) و ولایت
حضرت امامخمینی(ره)با توجه به تجارب تاریخی اسلام خصوصا در تاریخ معاصر و مبارزات موثر علما و روحانیونی همچون مرجع تقلید میرزای شیرازی در نهضت تنباکو و ملا محمدکاظم آخوند خراسانی وآیات دیگردرنهضت عدالتخانه و انقلاب مشروطیت، همچون سیدجمالالدین اسدآبادی دریافته بودند مبارزات مردم مسلمان ایران علیه استبداد و استعمار تنها در زمانی به نتیجه خواهد رسید که از بنیانی دینی برخوردار بوده و با رهبری و هدایت روحانیت و بهخصوص مرجعیت اسلام انجام پذیرد.طبعا آن روحانیتی که بتواند مردم مسلمان را هدایت کرده و درعینحال از تفکر عمیق دینی و پشتوانه علمی اسلامی نیز برخوردار باشد، بایستی در حوزههای علمیه تربیت میشد و از دریای علم و معرفت اسلامی سیراب میگردید. پس نخستین شرط تربیت چنین روحانیتی، رشد و بقای حوزه علمیه قم در مقابل سیل بنیانکن تهاجم فرهنگی استعمارگران و فشار و زور رژیم پهلوی بود که از زمان تاسیس، بنا به اساس طرح صهیونیستی بنیادگذاریاش، انهدام حوزههای دینی را در دستورکار خویش قرار داده بود.در شرایطی که برنامههای ضداسلامی و سرکوب و اختناق رضاخانی، حوزه علمیه قم را به نهایت ضعف رسانده و در آستانه اضمحلال قرار داده بود، امام ضرورت حضور مرجعی جامعالشرایط را برای مرجعیت عامه و ریاست حوزه علمیه قم احساس میکردند. ضرورتی که پس از درگذشت آیتا...العظمی حاجشیخعبدالکریم حائرییزدی، تقریبا بدون پاسخ مانده بود و حضور مراجع ثلاث یعنی آیتا... سیدمحمد حجت و آیتا...سیدصدرالدین صدر و آیتا... سیدمحمدتقی خوانساری نتوانسته بود وحدت حوزه را دربرابر هجوم بیامان دشمنان دین و کشور حفظ نماید.امام بحق میدانستند که با حوزهای متزلزل، آسیبپذیر و ضعیف نمیتوان با توطئههای اسلامزدایی استعمار و رژیم شاه مقابله نمود و فقیه جامعالشرایط، باشهامت و آگاهی را میطلبد تا با تبدیل آن حوزه علمیه آشفته به پایگاهی استوار برای پرورش اندیشمندانی وارسته و اسلامشناسانی فرهیخته و پاکباز، کانون گرم نهضت اسلامی را جهت رویارویی با خطرهایی که اسلام و استقلال کشور را تهدید میکند، برپا سازد.از همین رو بود که حضرت امام(ره)درسال۱۳۲۳ بهعنوان یکی از شخصیتهای مطرح حوزه علمیه قم، برای یکپارچه کردن حوزه تحتزعامت مرجعی واحد، در دعوت آیتا... بروجردی به قم نقش اصلی را ایفا کردند و پس از درگذشت آیتا... سیدابوالحسن اصفهانی (مرجع تقلید شیعیان در کاظمین) در۱۳آبان۱۳۲۵ و حاجآقا حسین قمیطباطبایی (سرپرست حوزه علمیه نجف) در ۱۷ بهمن همان سال، بیشترین تلاش را جهت مرجعیت عامه آیتا... بروجردی به عمل آوردند.سابقه مبارزاتی آیتا...بروجردی علیه رضاخان و حرکتش از بروجرد بهمنظور سرنگونی حکومت ضداسلامی رضاخان از نگاه امام پنهان نبود و اینکه خود مرحوم بروجردی به مناسبتی اظهار کرده بود: «من هرگز در قبال خلافکاریها و قانونشکنیهای دستگاه حاکمه ساکت نمینشینم.»
وهمین موضوع به زندان افتادن ایشان منجر شد، مد نظر امام قرار داشت. ازهمین رو حضرت امام(ره) اطمینان داشتند حضور آیتا...بروجردی در صدر حوزه علمیه قم میتواند وحدت و یکپارچگی لازم را در حوزه علمیه قم پدید آورده، قوام و استحکام لازم را به آن ببخشد و در برابر هجمه شاه و اعوان و انصارش بیمهاش سازد.امامخمینی(ره) در تمام دوران زعامت آیتا... بروجردی بر حوزه علمیه قم، کوشش فراوانی به خرج دادند که علیرغم موانع و دشواریهای متعددی که پیرامون آیتا... بروجردی قرار داشت، حقایق را به گوش آن مرحوم برسانند، اوضاع و شرایطی را که در کشور جریان دارد و نقشههای گوناگونی که از سوی رژیم شاه و اربابان خارجیاش علیه اسلام و استقلال ایران طرح میشود را به ایشان اطلاع دهند و تا آنجا که ممکن است او را از جریان امور آگاه سازند. آیتا... بروجردی نیز به نظرات و پیشنهادات امام توجه میکرد و به ایشان اعتماد و اطمینان ویژهای داشت و در مواقع حساس با امام تماس گرفته و مشورت میکرد.حاجآقا روحا...(عنوانی که امام در آن زمان در حوزه علمیه به آن معروف بودند) به مثابه نماینده و مشاور سیاسی آیتا... بروجردی، یکی از مورد اعتمادترین علمای حوزه نزد ایشان بهشمار میآمدند. چنانچه بارها از سوی آیتا... بروجردی بهعنوان نماینده تامالاختیار به ماموریتهای مهمی رفتند ازجمله هنگامی که رژیم قصد برپایی مجلس موسسان و تغییراتی در قانوناساسی همچون تفویض اختیار انحلال مجلسین به شاه را داشت، حضرت امام بهعنوان نماینده آیتا... بروجردی علاوهبراینکه با منوچهر اقبال، نخستوزیر وقت دیدار نمودند، ماموریت یافتند با شاه ملاقات کرده و نگرانیهای حوزه علمیه قم را از این تغییرات اعلام کنند.حتی در سفری که آیتا...بروجردی به مشهد داشت، امام را بهجای خود، مسئول اداره حوزه کردند، درحالیکه افراد مسنتر و معروفتری همان زمان در حوزه علمیه قم حضور داشتند. سندی از ساواک نشان میدهد که وقتی خبرنگار مجله ترقی در سال ۱۳۳۱ (دوران صدارت دکتر مصدق) سراغ آیتا... بروجردی میرود تا از ایشان درباره کشتهشدگان تظاهرات همان سال بپرسد، آیتا... بروجردی در پاسخ اظهار میدارد که بروید از نماینده رسمی من، آیتا... خمینی سؤال کنید که خبرنگار نشریه یادشده با حضرت امام تماس میگیرند.امام ضمن اینکه در آن شرایط و علیرغم تاکید آیتا... بروجردی بر کنارهگیری از مسائل سیاسی، جهت حفظ وحدت حوزه علمیه قم تحت زعامت مرجعیتی واحد، نهایت سعی خود را برای حفظ احترام و روشهای آیتا...بروجردی مبذول میداشتند، اما درعینحال بهدنبال برنامه درازمدت خویش جهت سامانیافتن حوزه علمیه قم در سال ۱۳۲۸ با همراهی برخی دیگر از مدرسین حوزه، طرح اصلاح حوزه را با هدف ایجاد نظم و تشکیلات، به آیتا... بروجردی ارائه کردند که به علت مخالفت برخی از اطرافیان ایشان، به انجام نرسید.
اما سؤال مهم که اغلب در ذهن برخی پرسشگران مطرح میشود، آن است که چرا امامخمینی(ره) در دوران حیات آیتا... بروجردی، نهضت خود را آغاز نکردند (چنانچه نخستین موضعگیریهای علنی سیاسی امام علیه رژیم شاه پس از وفات آیتا... بروجردی اعلام میشود). چرا علیرغم ناسازگاری برخی مواضع سیاسی و اجتماعی امامخمینی با آیتا... بروجردی، هیچگاه آن مواضع را آشکار نساختند.